縣農業農村局設下列內設機構：
（一）辦公室（計劃審計科）。負責機關日常運轉，承擔信息、保密、信訪、政務公開、新聞宣傳、后勤保障、安全保衛、輿情管控等工作；承擔綜合性文稿起草工作；提出扶持農業農村發展的財政政策和項目建議；提出農業農村投資方向、投資規模的建議并監督實施；編報部門預算并組織執行，參與農村金融、農業保險的政策制定；組織提出農業生產救災資金安排建議；協助做好農業補貼相關工作；組織做好策應扶持工作；指導監督局系統財務、國有資產和政府采購管理工作；負責財政投資項目統籌整合和資金安排、監督管理、績效評價工作。負責局直屬單位內部審計工作；組織開展系統內財政支農項目資金審計監督；指導全縣農業農村系統內部審計工作。管理農業科技成果，指導農業科研、技術引進、成果轉化和技術推廣工作，推動產業技術體系、農技推廣體系建設；監督管理農業轉基因生物安全；指導農村可再生能源開發利用、節能減排、農業清潔生產和生態循環農業建設，組織推動農業綠色發展工作；指導農業教育和職業農民培育。負責局重要事項的督辦工作。
（二）縣委農辦秘書科（農村社會事業促進科）。負責處理縣委農辦日常事務；組織開展“三農”重大問題政策研究；統籌農村人居環境整治（空間治理）等有關工作；負責協調落實縣委農村工作領導小組對“三農”工作重大決定部署的綜合考核；提出改善農村人居環境、農村社會事業發展、農村公共服務體系和基礎設施建設的政策建議，并推動實施；指導農村精神文明和優秀農耕文化建設；組織指導全縣農民體育運動。
（三）組織人事科。承擔機關及所屬事業單位的干部人事、機構編制、勞動工資和教育培訓工作；指導全縣農業農村人才隊伍建設和直屬單位崗位聘用工作；歸口備案社團管理工作；負責離退休干部工作。負責機關和直屬單位的黨群工作，服務機關精神文明建設。
（四）法規科（行政審批科）。組織起草農業農村地方性法規、規章；承擔行政執法監督、行政復議、行政應訴、普法宣傳及規范性文件的合法性審查工作；指導農業農村法治建設、平安建設、社會綜治和農業綜合執法工作。組織開展農業領域“放管服”改革、權責清單制度建設、行政審批制度改革，清理規范行政許可事項；負責農業農村有關行政審批事務。
（五）政策改革科（縣農村集體資產管理辦公室）。提出鞏固完善農村基本經營制度、農業農村改革發展和促進農民增收的政策建議；承擔全面深化農村改革和農村改革試驗區建設管理工作；承擔農民承包地、農村宅基地和農村集體產權制度改革工作；指導宅基地分配、使用、流轉、糾紛仲裁管理和宅基地合理布局、用地標準、違法用地查處，指導閑置宅基地和閑置農房利用；指導農村集體資產、財務管理、農村產權流轉交易管理等工作；負責農經統計有關工作。
（六）鄉村產業發展科（市場與信息化科、農村合作經濟指導科）。起草鄉村產業、農產品加工業、休閑農業和農業產業化發展的政策措施，并組織實施；推動農村一二三產業融合發展，構建鄉村產業生產和經營體系；指導和監測農業產業化重點龍頭企業發展；指導開展農村創業創新工作。編制農業農村經濟信息體系建設規劃，并組織實施；提出大宗農產品市場體系建設建議；承擔農業品牌建設有關工作；組織開展農產品和農業生產資料供求、價格分析和監測預警；指導農產品營銷促銷工作；發布農業農村經濟信息；承擔農業農村信息化有關工作；負責國際農業貿易、農業利用外資、農業對外合作載體建設和開放型農業項目的指導管理；協調推進鄉村治理體系建設；監督減輕農民負擔和村民“一事一議”籌資籌勞管理；指導農民合作經濟組織、家庭農場和農業社會化服務體系建設等工作；發展農村新型農業經營主體和多種形式適度規模經營。負責局系統涉外合作交流事務的組織、審核、報批，協調指導農業農村系統與臺灣地區及香港、澳門特別行政區農業交流與合作事務。
（七）種植業管理科（農產品質量安全監管科）。起草種植業發展政策、規劃；指導糧食蔬菜園藝作物生產、種植業結構和布局調整及標準化生產工作，發布農情信息；組織實施種植業發展重大技術措施、農作物重大病蟲害防治和農作物田間生產事故鑒定等有關工作。負責發展節水農業、設施農業、抗災減災、植物檢疫相關工作；組織實施肥料及農藥生產經營的有關監督管理，指導科學合理使用；指導省、市級現代農業產業園區建設與管理工作；組織實施農產品質量安全監督管理有關工作；指導農產品質量安全領域的監管體系、檢驗檢測體系和信用體系建設；承擔農產品質量安全標準、監測、追溯、風險評估等相關工作；承擔農產品質量安全突發事件應急處置具體工作；負責協調重大突發事件應急綜合管理和局系統內、農業行業安全生產工作。承擔農作物種業管理工作。
（八）畜牧獸醫管理科（重大動物疫病防控辦公室）。
起草畜牧業、飼料業、畜禽屠宰行業、獸醫事業發展政策和規劃；組織實施獸醫醫政、獸藥、獸醫器械監督管理；組織實施畜禽屠宰、飼料及其添加劑、生鮮乳生產收購環節質量安全監督管理和動物防疫檢疫工作；指導畜牧業結構調整、畜禽糞污資源化利用、畜牧屠宰安全生產和重大動物疫病應急處置工作；承擔獸藥及獸用生物制品安全管理、出入境動物檢疫和畜禽種業管理有關工作；負責建立完善重大動物疫情監測預警系統；組織開展有關突發重大動物疫情應急知識和處置技術的培訓、重大動物疫情應急響應。指導做好重大動物疫病應急處置工作。
（九）漁業漁政管理科。起草漁業發展政策措施、規劃；保護和合理開發利用漁業資源，指導水產健康養殖和水產品加工流通，組織水生動植物病害防控；組織漁業水域生態環境及水生野生植物保護；承擔漁業種苗業管理工作；指導漁政漁港監督、漁業安全生產、防災減災、漁業船舶檢驗與監督管理等工作；協調處理湖泊漁業安全搜救工作和漁業安全重大突發事件。
（十）農田建設管理科（發展規劃科）。提出全縣農田基本建設中長期規劃和年度計劃并組織實施；對農業圍墾開發項目實施行業管理；指導農田建設技術標準和規范制定；承擔耕地質量管理、農業綜合開發項目、農田整治項目、農田水利建設項目、高標準農田建設項目管理等相關工作；組織開展節水農業灌溉工程項目建設；指導建后管護工作；指導劃定農業產品禁止生產區域；參與開展永久基本農田保護。提出實施鄉村振興戰略的政策建議；起草編制農業農村經濟發展戰略、中長期發展規劃和年度發展計劃；組織編制、審核行業（系統）發展專項規劃；承擔國家現代農業示范區、國家產業園區建設有關工作；組織農業資源區劃工作，指導農業區域協調發展；負責農業重大項目建設、管理和考核工作。
（十一）扶貧開發科。制定全縣扶貧政策建議、扶貧開發規劃和年度計劃并組織實施；提出財政專項扶貧政策項目管理辦法和項目方案，指導項目實施和監管工作；會同有關部門開展扶貧資金績效考核；配合開展扶貧小額信貸工作；指導資產收益扶貧；承擔全縣扶貧開發系統培訓工作；組織開展扶貧工作的督促檢查和脫貧成效考核；研究推進扶貧改革和試驗區建設工作。負責推進扶貧開發協調機制，組織協調行業扶貧和社會扶貧；負責“五方掛鉤”幫扶工作的組織落實；參與駐縣幫扶工作隊的組建、管理和考核，指導駐村幫扶工作；指導制定扶貧對象識別和退出標準，指導扶貧統計監測和建檔立卡工作；協調指導省重點片區相關幫扶工作。
（十二）農機行業發展科（農機監督管理科）。提出農業機械化、農用航空等發展的政策建議；制定全縣農業機械化發展規劃并組織實施；組織實施農機購置補貼政策；組織推動農業機械化技術和裝備發展工作；組織實施農業機械化作業（秸稈還田）工作；指導全縣農機安全生產和農機安全監理工作；指導和監督道路外農機應急管理工作；組織實施農機具報廢更新；指導全縣農機維修行業管理、試驗鑒定與質量監督、農機行業職業技能培訓等工作。指導農業機械化技術創新和推廣應用。